国連ウェブサイトがハッキングされる

将棋プログラム同士の対戦でハッキングの技術を利用するとすれば、対戦相手のプログラムが本来の性能を発揮できないように妨害することが考えられます。
いうまでもなく反則行為です。

合法的に対戦相手を「余計に考えさせる」手段としては、敵の読み筋を外すのが基本です。
事前に競合ソフトの振る舞いを研究するのは常識の範囲内でしょう。
個人的には逆アセンブルして解析する気はないですが、そのようなことをする人がいたとしても驚きはしません。
ただ、限られた時間の中で行う作業としては、効率がよくありません。
ソースが公開されているチェスの強豪ソフトを研究する方がよいと思います。